STAIN Bengkalis pada awalnya dikenal dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) yang berdiri pada tanggal 18 Juli 1998 yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Islam Al-Kautsar (YPIA) yang berada di bawah naungan Kopertis VI Sumbar, Riau, dan Kerinci. Kondisi ini berlangsung lebih kurang Sembilan tahun sejak 1998 S/D= 1997 yang dibina oleh IAIN Imam Bonjol Padang.
Dengan melihat pekembangan pendidikan yang semakin baik serta kebutuhan pendidikan tinggi bagi masyarakat Kabupaten Bengkalis, maka pimpinan STIT sekaligus pendiri Yayasan YPIA pada waktu itu berkeinginan untuk membuka fakultas yang lain, maka STIT selanjutnya berubah menjadi STAI dengan keputusan Dirjen Perguruan Tinggi pada bulan Oktober 1988. Kondisi ini juga menyebabkan pembina STAI yang awalnya berada di bawah Kopertis VI Sumbar, Riau, dan Kerinci, pada saat itu beralih di bawah naungan Kopertais Wilayah XII Riau yang dibina oleh IAIN Susqa Pekanbaru (sekarang UIN Suska).
Sejak beralih status serta pembinaan di bawah Kopertais Wilayah VII, STAI Bengkalis terus berbenah dan ingin menunjukkan eksistensinya sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam yang diperhitungkan di Kabupaten Bengkalis Provinsi Riau. Hal ini terlihat semakin banyaknya Program Studi dan wilayah kampus yang semakin diperluas serta bertambahnya tenaga pendidik dan mahasiswa dari tahun ke tahun.
Dengan kondisi tersebut menyebabkan STAI Al-Kautsar Bengkalis berkeinginan melakukan percepatan penegerian STAI Al-Kautsar agar dapat dikembangkan sesuai dengan kebutuhan pendidikan pada saat itu. Keseriusan STAI Al-Kautsar Bengkalis ternyata disambut hangat oleh Kementerian Agama RI, melalui Kasubbid Kelembagaan untuk melakukan penegerian. Cita-ita tersebut terwujud ditandai dengan lahirnya Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia NO.33 Tahun 2014 Tentang Pendirian STAIN Bengkalis dan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia NO. 34 Tahun 2014 Tentang Organisasi dan Tata Kerja STAIN Bengkalis.
Lahirnya STAIN Bengkalis merupakan sejarah pendidikan tinggi agama Islam di Riau, karena STAIN Bengkalis merupakan satu-satunya STAIN yang ada di Riau. Selain itu, untuk pertama kalinya Menteri Agama Republik Indonesia H. Lukman Hakim Syaifuddin berkenan hadir di bumi Lancang Kuning dengan tujuan utamanya adalah untuk melakukan peresmian penegerian STAIN Bengkalis yang dilaksanakan pada tanggal 7 Mei 2015.
Seiring dengan perjalanan waktu, pada tahun 2015 Prodi MD mendapat izin penyelenggaraan kegiatan pendidikannya dengan Keputuan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor: 1143 Tahun 2015 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Sarjana. Keputusan tersebut merupakan jawaban dari tuntutan kebutuhan yang diusulkan oleh Jurusan DKI STAIN Bengkalis. Dengan dibukanya prodi MD ini, telah mendapat sambutan positif dan menarik minat kalangan masyarakat untuk berpartisipasi menimba ilmu-ilmu keislaman di prodi MD.
Selanjutnya, dalam merumuskan Visi, Misi, Tujuan,Tujuan Sasaran, Strategi Pencapaian prodi Manajemen Dakwah, berlandaskan pada peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 57 Tahun 2016 Statuta Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis.
